नीट की परीक्षा में नकल पर नकेल कसने के लिए सीबीएसई द्वारा कई नियमों को लागू किया गया था। जिसमें विद्यार्थियों को क्या पहन कर आना है और क्या वह अंदर नहीं ले जा सकते इन तमाम बातों का उल्लेख किया गया था।
यह साफ तौर पर स्पष्ट किया गया था कि जो भी इन नियमों का पालन नहीं करेगा उसे परीक्षा में बैठने नहीं दिया जाएगा लेकिन परीक्षा में तमाम नियमों का पालन करते हुए कई चीजें सामने आई है। बताया जा रहा है कि केरल के कन्नूर जिले में नीट की परीक्षा देने आई कई छात्राओं ने आरोप लगाया है कि चेकिंग के दौरान जबरदस्ती उनका इनरवियर चेक किया गया और साथ ही जींस उतारने के लिए मजबूर किया गया। इस बात की यह वजह है कि मेटल डिटेक्टर से स्कैनिंग के वक्त पिन और बटन होने के कारण बीप कर रहा था। इस बात से लोग काफी भड़क गए थे। एक छात्रा के पिता ने बताया कि उनकी बेटी का टॉप उठाकर जांच की गई साथ ही जींस पहनने की इजाजत भी नहीं दी गई। इन सबके बाद पॉकेट को लेकर भी आपत्ति जताई गई जिसके कारण छात्रा के पिता को अपने घर वापस जाकर अपनी बेटी के लिए लेगिंस लानी पड़ी।
इतना ही नहीं छात्रा के पिता ने आरोप लगाया कि छात्राओं से उनके अंत:वस्त्र मांग कर अपनी माताओं को सौपनें के लिए जोर दिया गया। हालांकि इसको लेकर किसी ने शिकायत दर्ज नहीं करवाई है। इन तमाम चीजों के अलावा भी नीट की परीक्षा को लेकर जगह-जगह से कई शिकायतें सामने आई है। बताया जा रहा है कि तेलंगाना में तेलगु प्रश्न पत्र मिलने के बजाय सभी को अंग्रेजी और हिंदी में प्रश्न पत्र थमा दिया गया। वहीं तमिलनाडु में नीट परीक्षा में पहली बार शामिल हुए कई छात्रों को परीक्षा केंद्र में प्रवेश से जुड़ी पर्याप्त जानकारी नहीं थी। इस कारण कुछ छात्रों को अपनी कमीज की आस्तीन छोटी करवानी पड़ी और अपने जूते छोड़ने पड़े। कई छात्रों को खुद कैंची से ही अपनी कमीज के आस्तीन काटने पड़े। परीक्षा देने आई लड़कियों को भी बाल में लगाने वाले अपने पिन, बैंड और कान की बाली, नाक की पिन जैसे आभूषणों को उतारना पड़ा।
नीट परीक्षा के प्रश्नपत्र लीक होने की ख़बरें भी कई जगहों से आ रही हैं। हालांकि अभी तक इसकी पुष्टि नहीं हो सकी है। हालांकि सीबीएसई के कड़े नियमों के बीच छात्राओं से जांच के नाम पर बदसुलूकी की खबरें देश के अलग अलग हिस्सों से मिल रही हैं।